在证明了时间旅行和末日病毒的真实性后，前精神病患者詹姆斯·科尔和科学家卡塔琳娜博士继续穿梭于不同时代，追捕十二猴子军团的十二名核心领袖。这一季揭示了更加黑暗的真相：十二猴子军团并非仅仅想灭绝人类，而是想利用时间机器制造一个永恒的“寂静纪元”，将人类文明冻结在工业革命之前。科尔在不同的时代见证了人类历史的转折点被猴子军团篡改：第一次世界大战的停战协议被调包、青霉素的发明者被暗杀、甚至他自己的出生也被操纵。他不得不面对一个哲学拷问：如果时间线可以被随意修改，那么“真实”还存在吗？同时，精神病院的心理学家怀斯博士不断出现在各个时代，告诉科尔：“你不是在拯救世界，你是在帮我们修补你打破的玻璃。”
第二季彻底摆脱了原作电影的阴影，构建了自己的宏大的时间悖论体系。每一集都是独立的时间线冒险，但又环环相扣。科尔这个角色的复杂性在这一季达到了顶峰，他在拯救人类和执行任务之间的道德挣扎令人心碎。科幻迷必看的神作。
七岁女孩被留在山村与外公相依为命，她用一支画笔把孤独变成了整个宇宙。
一个在大都市失败的建筑设计师回到乡下老家，用三百天时间帮得了阿兹海默症的爷爷重建一座倒塌的谷仓。
一个失去记忆的沙漠向导、一个逃婚的富家女和一个寻找儿子的老妇人，三人结伴穿越大沙漠，各自寻找丢失的魂灵。
前朝遗孤女扮男装进入江南织造世家，在丝线经纬间编织一场颠覆王朝的复仇。
民国天津卫，一个留洋归来的法医，一个神婆，一个警察，联手破解用“奇门遁甲”掩盖的诡异命案。
内向高中生发现自己是“风语者”，而城市里被遗忘的“风神”正因孤独而准备自毁。
老年同性伴侣在养老院假装邻居70年，一方去世后，另一方被子女赶出房间。
一位南非白人女性继承了来自贝都因人的神秘遗产，她必须穿越“空域”沙漠，找到一口被黄沙吞没的井。
